Consiliul Uniunii Europene, numit uneori Consiliul de Miniştri, reprezintă principala instituţie cu atribuţii de decizie în cadrul Uniunii, fiind şi cel care coordonează politicile economice generale ale statelor membre. Pe lângă această funcţie de natură executivă, Consiliul UE şi Parlamentul European sunt principalele organe de exercitare a funcţiei legislative la nivel comunitar. În timp ce Parlamentul reprezintă cetăţenii UE, Consiliul este vocea statelor membre. Cele două instituţii pot fi aşadar văzute ca două camere, inferioară şi superioară, ale legislativului comunitar. Consiliul este şi principalul responsabil de poziţia Uniunii Europene în domeniile politicii externe şi de securitate comune (pilierul al doilea) precum şi pentru acţiunile Uniunii în domeniul cooperării poliţieneşti şi judiciare în materie penală (pilierul al treilea). Preşedinţia Consiliului este asigurată prin rotaţie de către statele membre ale UE, fiecare exercitând această funcţie timp de şase luni. În perioada iulie-decembrie 2009 Preşedinţia aparţine Suediei, care va fi urmată în 2010 de Spania şi Belgia. România urmează să exercite Preşedinţia UE în iulie-decembrie 2019. Ţara însărcinată cu această funcţie este responsabilă cu organizarea şi prezidarea tuturor întrunirilor Consiliului.
Consiliul UE este format din 27 de miniştri din guvernele statelor membre, câte unul din fiecare stat. Compoziţia sa este însă variabilă, în funcţie de domeniul actelor care urmează să fie adoptate, miniştrii participanţi fiind cei competenţi în domeniul respectiv la nivel naţional. Consiliul se poate întruni astfel într-una din următoarele configuraţii: Afaceri generale şi relaţii externe, Afaceri economice şi financiare, Agricultură şi pescuit, Justiţie şi afaceri interne, Ocuparea forţei de muncă, politică socială, sănătate şi consum, Concurenţă, Transport, telecomunicaţii şi energie, Mediu şi respectiv Educaţie, tineret şi cultură. În primele trei configuraţii menţionate Consiliul se întruneşte constant în fiecare lună, în timp ce la celelalte configuraţii apelează doar când acest lucru se dovedeşte necesar. Indiferent de configuraţia aleasă, Consiliul poate decide cu majoritate simplă, cu majoritate calificată sau cu unanimitate (aceasta din urmă în domenii precum aderarea unor noi state membre, politica externă şi de securitate comună, cetăţenia Uniunii, fiscalitatea etc.). Atunci când Consiliul ia decizii cu majoritate calificată, statelor membre le este acordat un anumit număr de voturi, în funcţie de populaţia fiecăruia, dar cu o echilibrare în favoarea ţărilor mai mici. Statele cu cele mai multe voturi (29) sunt Germania, Franţa, Italia şi Marea Britanie, iar statul cu cele mai puţine (3) este Malta. România deţine 14 voturi, respectiv circa 4 % din numărul total de voturi din cadrul Consiliului (345).
Activitatea miniştrilor în Consiliu este susţinută de Secretariatul General al Consiliului, cu un personal de circa 3000 de angajaţi. Aceştia au rolul de a asigura o anumită continuitate în cadrul Consiliului, dat fiind că miniştrii participanţi se pot schimba des. Secretarul General al Consiliului este, din 1999, Javier Solana, aceeaşi persoană îndeplinind şi funcţia de Înalt reprezentant pentru politica externă şi de securitate comună a Uniunii. O structură importantă în interiorul Consiliului este Comitetul Reprezentanţilor Permanenţi (COREPER), format din reprezentanţi din statele membre (la nivel de ambasadori sau de înalţi funcţionari), care se întruneşte săptămânal pentru a pregăti activitatea Consiliului. Comitetul se împarte în COREPER II (care reuneşte reprezentanţii permanenţi) şi COREPER I (care reuneşte adjuncţii reprezentanţilor permanenţi). Secretariatul General al Consiliului este împărţit în şapte Direcţii-Generale şi servicii echivalente. Sediul Consiliului se află la Bruxelles, în clădirile Justus Lipsius şi Lex din „cartierul” european.
Consiliul UE nu trebuie confundat cu Consiliul European (care reuneşte şefii de state şi guverne din UE şi care se întruneşte în general de patru ori pe an pentru a stabili liniile politice generale ale Uniunii Europene) şi nici cu Consiliul Europei (organizaţie internaţională fondată în 1949 cu sediul la Strasbourg, având 47 de state membre, inclusiv Moldova, Rusia, Ucraina, Georgia, Armenia, Serbia, Norvegia, Elveţia sau Turcia, state care nu sunt membre UE).
